(1) HAJA / (2) AJA

(1) Do verbo “haver” -> Ex.: Espero que ainda haja de tempo de consertar as coisas.
(2) Do verbo “agir” -> Ex.: Espero que ele aja com sabedoria.

(1) AUTO / (2) ALTO

(1) Significa "próprio de si mesmo". -> Ex: tenho uma baixa autoestima.
(2) É o contrário de "baixo". -> Ex: o homem é alto.